平成13年9月30日以前に取得した上場株式等の取得費については、平成13年10月1における価格の80%とすることができるという特例というものがございました。
いわゆるみなし取得費といわれる制度です。
http://www.nta.go.jp/taxanswer/shotoku/1473.htm
タンス株などの塩漬けの株の処分を楽にするというのが趣旨だったように思います。
この制度、もともとの期限であった平成22年12月31日までで廃止されることとなります。
平成13年9月より前に購入した上場株式について購入価格がわからないものや、価格が大きく値下がりしているものがありましたらこちらの制度の適用についての検討が必要かもしれませんね。